鸟巢采集可能是动物采集中艰难的一项工作了。符合科学研究标准的、理想鸟巢的获取更是机会难得。由于我们必须去采集那些已产满卵的巢，当发现巢内产卵较少或不能断定是否为满窝卵时，应该耐心地等待，每天去检查产卵情况。而这对于警觉性高的鸟类来说，常能导致它弃巢而去，从而前功尽弃。而满窝卵的巢，若是在发现时已处于孵化后期，蛋内的胚胎难以取出，也不能制成合格的标本。加上鸟巢的隐蔽极为出色，孵卵亲鸟的隐蔽防卫本能十分突出，所以能够发现鸟巢的机会也是微乎其微，用“踏破铁鞋无觅处”来形容，并不算夸张。根据实践经验，发现和采集鸟巢的基本方法是观察和追踪有繁殖迹象的成鸟。 鸟类占区鸣叫、炫耀以及保护巢区的种种行为，都是寻找鸟巢的线索。常常在固定地点终日鸣叫不息的鸟类附近可以找到它的巢。当走近黄鹂、鸥类等鸟类的巢区时，雄鸟常大声惊叫和绕着圈飞鸣，直到人离开它的巢区为止。因此就可以反复试验，根据亲鸟反应激烈的区域来判断它的巢址。方位确定之后，可以隐蔽在稍远的地点，用望远镜目不转睛地监视成鸟的行踪。“两军相持，耐者得胜”，亲鸟虽然一直也在警惕地注视着我们，但它的恋巢本性无时无刻不在折磨着它，相持时间愈长，当它发现所监视的目标并没有什么危险的征兆时，警惕性慢慢消退而归巢性愈益强烈，终往自己的巢步步逼近而坐入其中。这个时候千万不能性急，一定要通过望远镜在巢址处选择好一个突出的标志。然后看准标志勇猛前进。特别是对于地面鸟巢来说，稍一错开眼神，就很可能失去了目标。科学工作者经常是这样。雌鸟也会有反应：当临近它的巢时，常常一声不叫地偷偷溜走，但是也不远飞，总是在附近默默地停息或跳跃。发现这种异常的情况时，采用上面的办法也能发现它的巢。
草原或沼泽带的地域辽阔，亲鸟的保护色和护巢本能均比较出众，一般不到万分危急的情况下绝不轻易离巢，所以寻找鸟巢更困难一些。除了用搜索追踪成鸟寻巢之外，也可以选取３０～５０米的长绳，每隔５米系一个铃铛，由两个人各持一端，拉绳拖地前进，同时注视着长绳附近所惊飞出鸟类的处所。发现情况之后，将绳置于地面并作为找巢的标记。用这种办法，能够将预定的一块地域逐行搜索，并能绘出各种鸟巢的分布图来。在沼泽地区，要特别留意那些水草集聚之处，甚至能够把它做为寻巢的重点。
发现鸟巢之后，重要的是先判明巢主，不要轻易拿走它的巢。对于熟悉的鸟类，不必采集成鸟。不熟悉的鸟类则一定要设法查明亲鸟。捕获亲鸟除了枪击外，也可以用马尾制成套索，沿鸟巢的边缘布放，然后退出它的巢区，过一定时间之后再来检查。马尾套索能够很容易地套住孵卵亲鸟的脚。在没有采集成鸟的工具情况下，应仔细观察巢主的大小、形状、身体各部的颜色以及鸣声等，好绘成草图，以便和原已收藏的有关地区标本进行核对。
在对鸟巢的亲鸟开展采集之前，还必须判断一下这窝卵是否已产足？简便的办法是取出１～２枚卵，放入盛水的杯中观察，如果卵飘浮或悬浮于水中，则显示是已孵过的卵，此巢就是满窝卵，这时便可以对成鸟和巢进行采集。如果鸟卵快速沉底，则显示尚未孵化，有可能不是满窝卵，必须准确地记住巢址位置，第二天再来检查。根据鸟类大多数是每天清晨产出一卵的习性，如果次日增加一枚，指出尚在产卵，应在不惊动亲鸟的情况下持续逐日检查，直到卵数不再增加为止。采用这种方法时应尽量减少对亲鸟的惊扰，不要随便移动鸟卵或折断巢旁的树枝。因为警惕性高的鸟会因干扰而停止产卵，甚至弃巢而去。
树洞筑巢的鸟类，它的巢相对地比较容易发现，但难于对洞内的情况开展观察和采集。通常能够自制带有角度的、可以伸入洞内的具柄小镜，利用镜面的反射来观察巢内的卵数。到了可以采集的时候，静待亲鸟入洞之后，先将纸烟喷入，然后用预先准备好的一个布袋迅速遮住洞口，迫使亲鸟飞出入袋。再用装有长铅丝柄的硬纸匙弯成合适的角度，伸入洞底掏取鸟卵。
对于所采集的鸟巢，应该仔细观察巢址周围的环境特征，如海拔、坡向、坡度、主要植被、水的深度等，逐一作简要记录，并记下采集的时间和地点，巢的位置、高度、巢口方向还有测量巢的种种量度；记载巢材的主要成份、卵数以及其他有关的生态资料。有条件的可以摄影或绘草图。小型鸟巢将巢与卵一齐采回，大型鸟巢除卵之外选取少量典型巢材。每一鸟卵都应细心裹以薄层棉花，连巢一起置入硬盒中，再填满棉花，以免野外工作及乘车时的震动而破碎。野外工作携带铝制大饭盒非常方便，必要时可作为珍藏鸟巢标本的工具。
在采集鸟巢时，特别是洞穴鸟巢，要细心检查巢内外有无寄生虫。将采到的寄生虫放入盛有７０％酒精的小瓶中，另用铅笔在纸条上写明采集时间、地点及巢主名称，放入瓶内。鸟巢的寄生虫是很有意义的研究材料。
（二）鸟卵
鸟卵为什么必须及时处理？首先是卵的重量能随时间发生变化，及时测量的资料比较准确。更关键的是，未经取出的内容物的卵，十分脆弱，稍有震动就会破碎。而取出内容物的鸟卵，因为重量很经，不仅耐震，就是在不太高的地方掉下来也摔不坏；另外，积时太久，卵的内容物浓缩变性，很不容易处理干净。
鸟卵在制作标本之前，应逐个称重和测量长径和宽径。然后选择合适的钻孔器，在卵壳侧方正中徐徐钻孔。钻孔器可用粗细不等的铁钉为材料，将钉头磨成多棱的钻头。根据实践经验，棱多比少好、棱的角度钝比锐好，棱少而角锐的钻头虽然比较锋利，但在钻孔时很容易将孔周围的卵壳弄成裂纹，后导致破碎；薄壳的小型鸟卵尤其是这样。处理时每个卵只钻一个孔。有人采取在蛋的两端各钻一洞，然后用注射器抽取内容物，这是不适宜的，它不仅有损鸟卵标本的完整性，在操作时更易将卵弄破。
未孵过或新孵不久的卵，其蛋壳上所钻的孔不必太大，内容物很易取出。对已出现早期胚胎的蛋，应钻较大的孔，以能伸入小钩等工具将胚胎支解、取出为度。处于孵化后期、雏体已很大的卵，一般不宜再制作标本；如果它是属于稀缺种类，那末力争留下能用的材料：在钻孔之后，用镊子小心地扩大孔径，直到超过小雏的头部，然后用镊子取出小雏。孔径若小于头径，多半要造成蛋壳破裂。
适宜制成标本的鸟卵，当钻孔后，先用细镊子剥去孔洞处所露出的蛋壳内膜，以使所钻的孔畅通。然后左手拿卵，使孔朝下，右手持以弯玻璃管制成的吹卵器，对准孔的内侧面用嘴吹气，迫使卵的内容物流出。再不时以吹卵器从杯内吸取清水，反复吹入卵内并摇晃清洗３～４次，直到干净。清洗工作非常关键，这是制作精良标本的关键。一个清洁的蛋壳几乎清澈如玉、色泽鲜艳，象矿物标本那样历久不变质；而清洗不彻底、蛋壳内残留着蛋黄和蛋清，不仅使该处卵壳变色，而且因为残留物的干缩，造成蛋壳局部龟裂，难于永久保存，也失去研究的价值。此外，一般不要用水刷洗蛋壳，特别是那些卵壳表面不具光泽的蛋，以免将色彩拭去。
及时处理后的鸟卵标本，要放在器皿内使之全部干燥，然后再裹以棉花收藏。水渍未干，千万不要包藏起来，因为卵壳内所残余的水中，多少含有一些蛋白质，若与包裹它的棉花沾连并干涸之后，很不容易剥离，有时常因此而造成小孔周围的蛋壳破碎。
将从野外带回的、业已处理好的鸟巢和鸟卵标本，去掉外包的棉花，依次使所钻的孔朝下，放入大小适宜的硬纸盒内，盒外贴上标签，注明编号、种名、采集日期和地点，放入标本柜中保存或陈列。在野外所记录和测量的种种有关材料的卡片，，也相应在编上编号，另行入档保存。
作陈列用的标本盒，常在顶盖镶以玻璃，以利于观察。但要注意避免阳光照射，长期日照会使蛋壳褪色，因此标本室需要装上窗帘。
